物語の整合性ってどれくらい取っていますか？

物語の整合性ってどれくらい取っていますか？ 現在長編小説を書いているのですが、プロットの段階では気付かなかった矛盾に気付いてしまいました。メインストーリーがラブストーリー、サブストーリーが事件ものとして、サブストーリーの中での矛盾です。 メインストーリー中の矛盾なら必ず直すのですが、サブストーリーなら放置するという選択肢も見えてしまっています。というのも、修正はおそらく可能なのですが、修正するとサブの説明パートが伸びに伸びるからです。 メインを盛り上げるためのサブが間延びしては本末転倒な気もしますし、読み手が矛盾に気付いた時にガッカリすることも考えると、悩んでしまいます。 そこでお聞きしたいのですが、この場合皆さんなら整合性を取りますか？また、読み手として矛盾に気付いた時に萎えるかどうかも合わせてお聞きしたいです。 私が読み手の時は頭が5歳児になるので矛盾には気付きません。